Noua institutie a preluat serviciile de depozitare şi registru de la Societatea Naţională de Compensare, Decontare şi Depozitare pentru Valori Mobiliare, Bursa de Valori Bucureşti şi societăţile de registru independent. Depozitarul Central a fost autorizat, ca societate pe acţiuni, şi în luna iunie 2006 are un capital social de 3 milioane euro.
Acţionarul majoritar al Depozitarului Central este Bursa de Valori Bucureşti, cu 54% din capitalul, restul acţiunilor fiind deţinute de bănci şi instituţii financiare.
