Marea Neagră și-a primit denumirea finală de la turci, odată cu extinderea acestora în zonele de jur-împrejurul ei. Turcii au asociat multă vreme nordul cu întunericul şi de aceea au numit marea situată la nordul imperiului lor drept Kara Deniz = Marea Neagră, iar Marea Mediterană, care se află la sud de centrul imperiului o numesc şi azi Ak Deniz = Marea Albă.

Cei mai dintâi menționați locuitori ai țărmurilor mării Negre, anume Cimerienii și Sciții (popoare indo-europene), o denumeau „Axaina”, adică „albastru închis”. În vremea colonizării grecești marea se numea „Pontos Euxeinos”, adică „marea primitoare”, poate prin preluarea fonetică a denumirii „Axaina”. Romanii au transcris denumirea sub forma „Pontus Euxinus”, folosind însă și „Mare Scythicum”, iar ulterior, în vremea împărăției Bizantine, în Evul Mediu, apar denumirile de „Μεγάλη Θάλασσα” („Megali thalassa” preluată în românește ca „Marea cea mare” din documentele lui Mircea cel Bătrân și în italiana genovezilor ca „Mare maggiore”) și de „Kαικίας Θάλασσα” („Chechias thalassa”, anume „marea crivățului”, preluată în bulgărește ca „море Сесил”: „marea oarbă” sau „închisă”), denumiri prezente în hărțile venețiene precum și în cronicile lui Wavrin și lui Villehardouin.

Calificativul „Neagră” apare în secolul al XV-lea, odată cu extinderea Imperiului Otoman, și există trei ipoteze explicative, toate trei disputate :

• Cea mai populară, dar neconfirmată de nicio sursă, afirmă că ar fi culoarea mării la vreme rea (de fapt, sub nori, toate mările sunt întunecate) ;
• O altă ipoteză des citată în sursele anglo-saxone este că Neagră ar fi o traducere a cuvântului scitic axaïna ;
• O altă ipoteză este că denumirea i-ar fi fost dată de Turcii Selgiucizi (Selçuk Türklar) instalați în Anatolia din secolul XI, apoi generalizată de Otomani (Osmanlı Türklar), conform căreia nordul era simbolizat de culoarea neagră. Pentru turci, Marea de la Nord era Marea Neagră. Termenul a fost tradus în rusește, românește, bulgărește pe măsură ce aceste popoare au avut acces din nou la țărmurile mării. Această ipoteză este dezbătută inclusiv în rândurile turcologilor, dat fiind ca desemnarea tradițională a punctelor cardinale prin culori, la Turci, nu totdeauna folosește Kara (adică „întunecat”) pentru Miazănoapte și Ak (adică „luminos”) pentru Miazăzi, cum este cazul aici (Karadeniz fiind Marea Neagră, la nord de Turcia, iar Akdeniz fiind Marea Mediterană la sud de Turcia) : de obicei, se folosesc alte culori. Culorile au fost folosite și la identificarea vlahilor: caravlahii sunt vlahii de nord (Bosnia și Herțegovina), diferiți de vlahii din Grecia.