Garanţiile, oferite de Fond în numele statului, pot ajunge la 15% din valoarea proiectului şi se acordă pentru creditele de cofinanţare a proiectelor aprobate. Prin implicarea în acest program, Fondul de Garantare îşi asumă angajamente, în numele şi în contul statului, pentru acoperirea pierderilor suportate de finanţatori, din cauza riscului de credit. Garanţia se acordă pe toată durata finanţării, dar nu poate depăşi 80% din creditul de cofinanţare aprobat.