În anul 1990, o comisie guvernamentală de anchetă care cerceta evenentele petrecute la sfârșitul anului 1989, a propus trimitea generalului în judecată pentru că a ajutat la reprimarea revoluției. Lucrul acesta s-a întâmplat în 1997, iar în 1999 a fost condamnat la 15 ani de închisoare pentru omor deosebit de grav în repirmarea revoluției de la Timișoara. Totuși, Athanasie Stănculescu a făcut recurs, iar hotărârea luată anterior a fost confirmată un an mai târziu.
Procurorul general, Tănase Joița, a promovat recursul în anluare a pedepsei, iar decizia judecătorească a fost clasată în 2004, dar după rejudecare faptele au fost reconfirmate în 2007.
În 2008, ÎCCJ, a respins recursul fostului general la decizia luată în 2007, iar Stănculescu a trebuit să-și ispășească pedeapsa primită în 1999.
Judecătorii ÎCCJ au arătat că fostul general nu era obligat să pună în aplicare ordinul dictatorului Ceaușescu, de deschidere a focului împotriva revoluționarilor, deoarece acesta era ”ilegal și neconstituțional”.
Athanasie Stănculescu a fost căsătorit cu Elena Stăculescu, şi au avut împreună o fiică, născută în 1954. În anul 2003, soția sa s-a sinucis, aruncându-se de la etaj în timp ce fostul general dormea.
În 2014, Athanasie Stănculescu a fost eliberat condiționat.



