Amiralul a demisionat după ce a fost descris într-un articol drept "un categoric opozant al politicii lui George Bush faţă de Iran".

Democraţii din Congres au sugerat că modul său deschis de a vorbi l-a costat postul. Secretarul apărării, Robert Gates, a anunţat că acceptă demisia 'cu... reticenţă şi regret'.

Fallon şi-a justificat plecarea subliniind că afirmaţiile referitoare la diferenţa dintre opiniile sale şi obiectivele politicii preşedintelui au distras atenţia într-un moment critic şi au frânat eforturile comandamentului din regiune.