În contextul izbucnirii revoluţiei paşoptiste şi în Transilvania (1848), Gojdu a încercat să găsească alături de fruntaşii români din Banat şi Câmpia de Vest, o soluţie care să se potrivească Proclamaţiei de la Blaj, din 3/15 mai 1848. Faţă de românii ardeleni, cei din Banat şi Câmpia de Vest aveau păreri mai moderate, neexcluzând o posibilă colaborare cu maghiarii. Pe 21 mai 1848, în casa lui din Oradea, a redactat proclamaţia „Înştiinţarea către Românii de legea răsăriteană neunită”, prin care de preconiza o mare adunare populară la Timişoara, pentru data de 25 iunie 18488, unde fiecare comitat ar fi trebuit să îşi trimită reprezentanţii. Adunarea nu a avut loc însă niciodată.
Tot în aceeaşi perioadă a redactat „Petiţia neamului românesc din Ungaria şi Banat”, prin care se exprima aderenţa la Casa de Habsburg şi se cerea independenţa românilor faţă de Mitropolia sârbească de la Carlovit.
În anul 1861, Emanoil Gojdu a fost numit prefect al judeţului Caraş, care avea populaţie majoritar românească. Din cauza viziunilor sale moderate faţă de revoluţia românească din Transilvania, de la 1848, şi datorită faptului că a subscris la unele ţeluri ale revoluţiei paşoptiste maghiare, pe timpul cât a fost prefect de Caraş a fost privit cu neîncredere de români.
În anul 1866, Gojdu a fost ales deputat de Tinca.
La 4 noiembrie 1869, Emanoil Gojdu şi-a făcut testamentul la Budapesta, prin care şi-a lăsat averea „acelei părţi a naţiunii române din Ungaria şi Transilvania care aparţine la confesiunea orientală ortodoxă”, pentru acordarea de burse studenţilor şi pentru ajutorul preoţilor. În acest sens a fost constituită o fundaţie. Acestă fundaţie a funcţionat între 1870 şi 1917, acordând foarte multe burse studenţilor români, dintre care se remarcă: Traian Vuia, Octavian Goga, Constantin Daicoviciu, Petru Groza şi Victor Babeş.
Averea lăsată de Gojdu a fost inzecită de administratorii priceputi ai fundatiei. In 1911 era echivalenta cu 2 tone si jumatate de aur fin.
