Singurele modificări semnificative aduse legii privind organizarea judiciară faţă de forma adoptată de Camera Deputaţilor au fost în ceea ce priveşte secţia specială pentru investigarea magistraţilor. Astfel, comisia specială condusă de Florin Iordache a decis ca secţia specială să fie condusă de un procuror-şef numit şi revocat de Consiliul Superior al Magistraturii.

Comisia specială pentru legile justiţiei a mai adoptat un amendament prin care acordă puteri sporite nou înfiinţatei secţii de investigare a magistraţilor, astfel încât această structură va putea să cerceteze toate infracţiunile săvârşite de procurori şi judecători.

”În cadrul Parchetului de pe lângă Înalta Curte de Casaţie şi Justiţie se înfiinţează şi funcţionează Secţia pentru Investigarea Infracţiunilor din Justiţie care are competenţa exclusivă de a efectua urmărirea penală pentru infracţiunile săvârşite de judecători şi procurori, inclusiv judecătorii şi procurorii militari şi cei care au calitatea de membri ai Consiliului Superior al Magistraturii”, se arată în amendamentul adoptat de comisia specială.